X精子与Y精子的主要差别在于它们所含的染色体不同。X精子Y精子的主要差别在于它们所含的染色体不同。X精子含有体大而长的X染色体和数量很多的脱氧核糖核酸(DNA)，携带着丰富的遗传密码，头大而圆，体态肥胖，行动迟缓，但寿命较长。Y精子含有Y染色体，所含脱氧核糖核酸以及携带的遗传密码较少，头小而尖，体态小巧玲珑，行动敏捷，但寿命比X精子短。在适应环境能力方面，X精子比Y精子强得多。一般来说，精子都是嗜碱而厌酸的。如果女性生殖道酸性偏高时，行动敏捷的Y精子很快变得迟钝起来，但X精子对酸性耐受力较强，受酸性环境影响不太大。另外当女性患子宫颈糜烂等疾病时，宫颈粘液变的过分粘稠，精子在里面游动受到限制，尤其是Y精子比X精子更难以穿过粘稠的宫颈粘液而与卵子结合。另外，由于X精子与Y精子在DNA和蛋白质的结构、成分方面有差别，所以，两者的抗原性(免疫性)也不同。

　　据报道，对这两类不同的精子已可以进行分离，如应用电泳分离法，可把精液放置于直流电场中，X精子就自动游向负极，而Y精子游向正级。也有报道已应用免疫访求成功使X、Y精子分离。目前这类分离技术仍处于实验阶段。